El lupus eritematoso sistémico (SLE) es una enfermedad crónica de tejido conectivo, caracterizada por la activación anormal del sistema inmunitario, que conduce a un ataque del propio cuerpo y a la formación de vasculitis crónica. En los últimos años, se ha incrementado notablemente la investigación sobre la relación entre el SLE y la microbiota intestinal, pero aún no está claro cómo regular específicamente la microbiota intestinal para tratar el SLE. Se han observado diferencias en la microbiota intestinal de pacientes con SLE en comparación con las personas sanas, especialmente en cuanto a Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria, Proteobacteria, y esto ha sido confirmado en experimentos con animales. En este artículo, presentamos una revisión exhaustiva de los cambios en la microbiota intestinal de pacientes con SLE y su relación con el desarrollo de la enfermedad, con el objetivo de ofrecer nuevas ideas para el tratamiento del SLE.