Sistema de detecção rápida do vírus sincicial respiratório tipo A: amplificação por recombinase polimerase em tubo único联合CRISPR/Cas12a e dois esquemas de leitura imediata
O objetivo é construir um sistema de detecção rápida do vírus sincicial respiratório (RSV) do tipo A baseado na amplificação por recombinase polimerase (RPA) em tubo único联合CRISPR/Cas12a, e avaliar seu desempenho de detecção e potencial de aplicação clínica. Método: com base na sequência conservada do gene que codifica a proteína M do RSV do tipo A, foram projetados e sintetizados primers, RNA guia (crRNA) para reconhecimento da proteína CRISPR/Cas12a e sondas, construindo e otimizando a plataforma de detecção RPA-CRISPR/Cas12a em tubo único; a leitura imediata do sinal de detecção foi realizada utilizando seja PCR em tempo real com fluorescência ou tiras de cromatografia lateral; foram desenvolvidos esquemas de detecção rápida fluorescente e por tira para RPA-CRISPR/Cas12a; usando plasmídeos e vírus pseudo como modelo, analisaram-se a sensibilidade e especificidade dos dois esquemas de detecção rápida; 39 amostras reais contendo RSV-A ou outros três vírus do síndrome respiratório febril foram testadas, avaliando a concordância do sistema de detecção rápida com o padrão ouro RT-qPCR pelo coeficiente Kappa. Resultados: a detecção rápida fluorescente RPA-CRISPR/Cas12a em tubo único detectou 6,1×10⁻¹ cópias/μl de vírus pseudo em 30 minutos a 37 ℃; a detecção rápida por tira detectou 6,1×10¹ cópias/μl nas mesmas condições em 35 minutos; não houve reação cruzada com os outros três vírus; os resultados das amostras reais mostraram especificidade de 100% (15/15) e sensibilidades de 95,8% (23/24) e 91,7% (22/24), respectivamente; os coeficientes Kappa de concordância com RT-qPCR foram 94,7% e 89,4%. Conclusão: o sistema de detecção rápida estabelecido para RSV-A apresenta alta sensibilidade e especificidade, podendo ser uma ferramenta eficaz para o diagnóstico clínico e vigilância epidemiológica da infecção por RSV-A.
关键词
Vírus sincicial respiratório tipo A; amplificação por recombinase polimerase; sistema CRISPR-Cas12a; tira de cromatografia lateral