La tumeur stromale gastro-intestinale (GIST) est la tumeur mésenchymateuse la plus commune du tractus gastro-intestinal. L'imatinib présente une bonne efficacité clinique et est utilisé comme traitement de première ligne pour les GIST métastatiques, cependant la plupart des patients voient leur tumeur progresser quelques années après le traitement, ce qui limite fortement son utilisation clinique en raison d'un taux élevé de résistance, et l'augmentation de la dose du médicament et les traitements en deuxième ligne ne sont pas satisfaisants. La flore intestinale est un sujet de recherche important actuellement, et il a été prouvé qu'elle est étroitement liée à la résistance de divers types de tumeurs. Ces dernières années, il a été découvert que certains groupes de bactéries intestinales peuvent servir de biomarqueurs pour les GIST ou de cibles thérapeutiques potentielles, et une intervention dans la flore intestinale peut ralentir voire inverser le processus de résistance subséquente des GIST à l'imatinib. Cet article propose une synthèse de la résistance des GIST, du lien entre la flore intestinale et la résistance tumorale, ainsi que de la relation entre la flore intestinale et la résistance des GIST, dans le but d'apporter de nouvelles idées et méthodes de traitement clinique pour les GIST.